Tika ierosināta krimināllieta par amatpersonu bezdarbību un dienesta pilnvaru pārsniegšanu, to vēlāk papildinot ar pantiem par krāpšanu un naudas atmazgāšanu. Sākotnēji apsūdzība tika izvirzīta tikai Andrim Šķēlem piederošās firmas Uzņēmumu vadība un konsultācijas darbiniekam Harijam Krongornam. 2003.gada novembrī KNAB veica kratīšanas Uzņēmumu vadība un konsultācijas birojā un aizturēja Krongornu.

Vēlāk apsūdzības tika celtas arī pret citām personām, no kurām daudzas bija saistītas ar Andri Šķēli, piemēram, pret advokātu Jāni Lozi un sabiedrisko attiecību speciālistu Jurģi Liepnieku. Andrim Šķēlem izmeklēšanas gaitā piemēroja liecinieka statusu.